A linha de atuação em resíduos, subprodutos, coprodutos e energia deve atuar no desenvolvimento de projetos que transformem resíduos e rejeitos de empresas de alimentos em produtos com valor comercial, geração e economia de energia ou criação e adequação de tratamentos com redução de impacto ambiental. A linha compreende, ainda, estudos de integração energética e uso de utilidades. Um exemplo da possibilidade de atuação dessa linha está em muitas das empresas de alimentos já possuírem lagoas e sistemas de tratamento de efluentes, no entanto sem o devido aproveitamento para produção de biogás e fertilizantes.